导出数据

可以将数据列表组合在一起,以便从 CDB Workbench 的导出(Export)区域导出为导出定义(Export Definitions)。对于每个导出定义,他们可以从研究中添加一个或多个数据列表。生成导出数据包时,可以选择以 CSV 或 SAS(sas7bdat)格式生成。然后 CDB 会生成一组文件,每个导出列表一个文件。生成导出数据包后,你或任何其他有权访问研究的 CDB 用户可以下载导出数据包(一个包含列表文件集合的 ZIP 文件(CSV 或 sas7bdat),以及描述数据包内容的清单“manifest.json”)。然后,你可以与研究利益相关者(例如监管机构、医疗监察员和统计学家)共享。还可以将数据集从 EDC 工具(EDC Tools)中的研究数据提取作业发送到 CDB。

可用性:临床数据库(CDB)仅对 CDB 许可证持有者提供。请联系 Veeva 服务代表了解详细信息。

先决条件

您可以根据系统生成的“核心列表”导出数据,但如果要从自定义列表格式导出数据,则必须首先创建列表。


默认情况下,具有标准 CDMS Lead Data Manager(CDMS 首席数据管理员)和 CDMS Data Manager(CDMS 数据管理员)研究角色的用户能够执行下述操作。如果您的组织使用自定义角色,则您的角色必须授予以下权限:

类型 权限标签 控制
“标准”选项卡 工作台选项卡

能够通过工作台(Workbench)选项卡访问和使用 Data Workbench 应用程序

功能权限 查看病例手册

能够查看关于和来自受试者病例手册(Casebooks)的信息(针对报告、信息板和 CDB)

功能权限 查看导出

能够访问“导出”页面

功能权限 创建导出定义

能够创建和复制“导出定义”

功能权限 生成导出数据包

能够生成 CSV 或 SAS 导出数据包

功能权限 删除导出定义

能够删除“导出定义”

功能权限 查看导出数据包

能够访问“导出>数据包”以查看生成的导出数据包

如果您的“研究”包含受限数据,您必须具有“受限数据访问”权限才能查看该数据。

了解有关“研究角色”的更多信息。


访问导出

可以从 CDB Workbench 的导出区域访问导出定义。可以从导航抽屉(Navigation Drawer)研究(Study)菜单导航到导出区域。

导航抽屉中的“导出” “研究”菜单中的“导出”

查看导出

导出页面有两个选项卡: 定义(Definitions) 数据包(Packages)。从导出> 定义中,可以查看、创建和编辑研究导出定义。从导出> 数据包中,可以查看所有生成的导出数据包,并查看错误日志中是否有任何失败。

定义

Workbench 在导出> 定义中列出了研究的所有导出定义。下表详细介绍了导出定义 列表的每一列:

描述
名称 导出定义的标题,在定义创建期间定义。如果此定义设置了计划导出,Workbench 会在此列中显示时钟图标()。将鼠标悬停在图标上以显示计划。
状态 导出定义可以处于以下两种状态之一:草稿已发布
列表 导出定义 中的数据列表数。
类型 导出定义 的类型。有关详细信息,请参见下面的导出类型
创建日期 导出定义创建的日期和时间以及创建该定义的用户的名称。
上次修改时间 上次修改导出定义 的日期和时间以及进行更改的用户的名称。
最新数据包 导出数据包的状态以及生成数据包的日期和时间。单击下载(Download))下载数据包。

可以按最新数据包(Latest Package)修改者(Modified By)修改日期(Modified Date)名称(Name)对此列表进行排序。从排序依据(Sort By)菜单中选择排序列和顺序。

“排序依据(Sort By)”菜单

单击排序方式(Sort By)菜单中的重置(Reset)以返回到默认排序顺序(降序(Descending)、修改日期。

数据包

Workbench 在导出> 数据包中列出了为研究生成的所有数据包。下表列出了数据包列表每列的详细信息:

描述
名称 此列中列出了用于生成数据包的导出定义标题、生成数据包的日期时间 以及数据包中包含的列表数量。如果此数据包设置了计划导出,Workbench 会在此列中显示时钟图标()。将鼠标悬停在图标上以显示运行的计划。
类型 此列中列出了用于生成数据包的导出定义类型
处理者 启动数据包生成的用户的名称以及他们执行此操作的日期时间
状态 此列中列出了数据包的状态:进行中完成错误完成 后,单击下载)下载数据包。

对数据包进行排序

可以按名称处理者(Processed By)处理日期(Process Date)处理状态(Process Status)对此列表进行排序。从排序依据(Sort By)菜单中选择排序列和顺序。

“排序依据(Sort By)”菜单

单击排序方式(Sort By)菜单中的重置以返回到默认排序顺序(降序(Descending)、处理日期(Process Date))。

错误

如果数据包生成失败,可以从导出> 数据包中查看错误列表。

要查看错误,请执行以下操作:

  1. 导航到研究导出> 数据包
  2. 在列表中找到失败的数据包。
  3. 单击查看问题日志(View Issue Log))。 查看问题日志

  4. Workbench 将打开问题(Issues)面板。这将列出在数据包生成过程中发生的每个错误。
  5. 可选:单击下载)下载问题日志。
  6. 单击关闭(Close))关闭问题面板。

导出类型

Workbench 支持三种类型的导出:无、原始和 SDTM。默认值为“无”,该类型允许创建自己的导出定义,而没有“原始”和“SDTM”类型中包含的定义约定。

原始

创建导出定义 时,可以选择使用“原始”格式(通过选择原始 作为类型)。原始导出数据包具有以下特征:

  • 该数据包中包含研究中每个核心列表的导出列表,即使表单没有数据也是如此。
  • 任何日期和日期时间条目都会同时显示默认格式和 RawDate() 格式。有关 RawDate() 格式日期的示例,请参见下面的表。
  • 带有单位的条目包括已转换名称和单位值的列。有关单位列的示例,请参见下面的表。
  • 该数据包中包含用于上下文标题信息的其他系统列表。请参见下面的详细列表。

导出表单列表

除了表单 上的每个条目 的列外,原始导出中的每个表单列表还将包括以下列:

  • Study.Name
  • Site.Number
  • Subject.Name
  • EventGroup.Name
  • EventGroup.SeqNbr
  • Event.Name
  • Event.Date
  • Event.Status
  • Form.Name
  • Form.DataSource
  • Form.SeqNbr
  • Form.LastModifiedDate
  • ItemGroup.SeqNbr

系统列表

默认情况下,原始导出类型包括以下系统列表。这些列表为研究提供操作元数据。对于无(None)导出类型,默认不包括系统列表,但可以根据需要添加。

下表列出了每个系统列表 中包含的列。

系统列表 CQL
Sys_Sites CALL Sys_Sites
  • Study.Name
  • Site.Country
  • Site.Number
  • Site.Nme
  • Site.PI
Sys_Subjects CALL Sys_Subjects
  • Study.Name
  • Site.Country
  • Site.Number
  • Subject.Name
  • Subject.Status
Sys_Events CALL Sys_Events
  • Study.Name
  • Study.Label
  • Site.CountryName
  • Site.Number
  • Subject.Name
  • EventGroup.Label
  • EventGroup.Name
  • EventGroup.ExternalID
  • Event.Label
  • Event.Name
  • Event.ExternalID
  • Event.Date
  • Event.VisitMethod
  • Event.PlannedDate
  • EventGroup.SeqNbr
  • Event.EventDateLastModifiedDate
  • Casebook.Version
  • Event.Status
  • Event.ChangeReason
  • Event.ExpectedForms
  • Event.Frozen
  • Event.FrozenDate
  • Event.Locked
  • Event.LockedDate
  • Event.Signed
  • Event.SignedDate
Sys_Forms CALL Sys_Forms
  • Study.Name
  • Study.Label
  • Site.Country
  • Site.CountryName
  • Site.Number
  • 研究中心名称
  • Site.PI
  • Subject.Name
  • Subject.Status
  • EventGroup.Label
  • EventGroup.Name
  • EventGroup.ExternalID
  • Event.Label
  • Event.Name
  • Event.ExternalID
  • Event.Date
  • Event.Status
  • EventGroup.SeqNbr
  • Form.Label
  • Form.Name
  • Form.ExternalID
  • Form.SeqNbr
  • Form.Status
  • Form.CreatedDate
  • Form.FirstSubmissionDate
  • Form.SubmissionDate
  • Form.SubmissionCount
  • Form.SDVOverridePlan
  • Form.SDV
  • Form.SDVCompleted
  • Form.SDVDate
  • Form.FirstSDVDate
  • Form.SDVLastModifiedDate
  • Form.DMROverridePlan
  • Form.DMR
  • Form.DMRCompleted
  • Form.DMRDate
  • Form.FirstDMRDate
  • Form.DMRLastModifiedDate
  • Form.Frozen
  • Form.FrozenDate
  • Form.Locked
  • Form.LockedDate
  • Form.Signed
  • Form.SignatureDate
  • Form.ILB
  • Form.ILBReason
  • Form.LastModifiedDate
  • Form.Version
Sys_ILB CALL Sys_ILB
  • Study.Name
  • Study.Label
  • Site.CountryName
  • Site.Number
  • Subject.Name
  • EventGroup.Label
  • EventGroup.Name
  • EventGroup.ExternalID
  • Event.Label
  • Event.Name
  • Event.ExternalID
  • EventGroup.SeqNbr
  • Form.Label
  • Form.Name
  • Form.ExternalID
  • Form.SeqNbr
  • ItemGroup.Label
  • ItemGroup.Name
  • ItemGroup.ExternalID
  • ItemGroup.SeqNbr
  • Item.Label
  • Item.Name
  • Item.ExternalID
  • LABANALYTENAME
  • ILB Reason
Sys_Links CALL Sys_Links
  • Study.Name
  • Site.Country
  • Site.Number
  • Subject.Name
  • EventGroup.Name
  • EventGroup.SeqNbr
  • Event.Name
  • Form.Name
  • Form.SeqNbr
  • Form.LinkCreatedDate
  • Form.LinkID
  • ItemGroup.Name
  • ItemGroup.SeqNbr
  • FormLink.Name

原始日期格式

对于日期和日期时间条目,Workbench 包括日期的默认日期格式和 RawDate() 格式。RawDate() 格式会不经任何修改显示部分日期和时间。

记录的日期或日期时间 原始格式
1 27-10-2020 27-10-2020
2 ?-10-2020 UN-10-2020
3 ?-?-2020 UN-UNK-2020
4 27-10-2020 10:40 27-10-2020 10:40
5 27-10-2020 ? 27-10-2020 UN:UN
6 ?-10-2020 ? UN-10-2020 UN:UN
7 ?-?-2020 ? UN-UNK-2020 UN:UN

具有单位列的条目

对于单位类型的条目,Workbench 包括已转换的名称和单位值的附加列。下表显示了“重量”条目包含的列,以千克为收集单位。

体重 重量_UOM 重量_已转换 重量_UOM_已转换
65 千克 143.3

代码列表解码

原始导出定义包括代码列表条目的解码值。这些值显示在原始条目列之后的新列中,条目名称后附加”_DECODE“。如果列标题重复,名称后跟数字,如 2、3 或 4。

例如,“signed_consent_form_DECODE_2”:

解码列

仅为新的导出定义和修改的现有定义添加 DECODE。DECODE 列与 itemtype 属性一起包含在清单文件中。

重复列处理

CQL 允许重复列,并将在 UI 中显示它们。

系统生成的列(例如附加了“_RAW”或“_UOM”的列)会自动附加“_2”,以防止在某些情况下发生重复列冲突。在导出列表导出为 CSV 或 SAS 之前的 CQL 转换期间,会发生这种情况。

对于用户定义的条目名称,CDB 尝试通过在前面附加条目组名称来保留原始名称。生成 CSV 或 SAS 文件时,会发生这种情况。

SDTM

创建导出定义 时,可以选择使用“SDTM”格式(通过选择 SDTM 作为类型)。SDTM 导出数据包具有以下特征:

  • 每个列表 CSV 都包含一个(列表的短标题)列。
  • 列表 CSV 文件使用短标题(“short_title.csv”)命名。
  • 所有日期、日期时间和时间条目都使用 ISO8601 格式。
  • 未知日期和时间的格式如下表所示。
  • 数据条目的列根据导出定义创建期间的选择,使用 EDC 定义的 SDTM 名称外部 ID
记录的日期或日期时间 不确定性区间 标称日期/时间(--DTC)
1 2020 年 3 月 15 日 13:14:17 完成日期 2020-03-14T13:14:17
2 2020 年 3 月 15 日 13:14 未知秒数 2020-03-15T13:14
3 2020 年 3 月 15 日 13 未知分钟数 2020-03-15T13
4 2020 年 3 月 15 日 未知时间 2020-03-15
5 2020 年 3 月 未知日 2020-03
6 2020 未知月份 2020

导出数据包中的受限(设盲)数据

CDB 根据导出定义设盲属性确定在导出数据包中包含受限(设盲)数据。

如果选中未设盲(Unblinded)复选框,并且一个或多个导出列表包含受限数据,则 Workbench 仅允许具有受限数据访问权限的用户下载生成的导出数据包。

如果导出列表包含受限(设盲)数据,则只有在研究角色授予受限数据访问权限的情况下,Workbench 才会导出受限数据。默认情况下,此权限分配给具有标准 CDMS Lead Data Manager(CDMS 首席数据管理员)研究角色的用户。

下面的列表描述了 Workbench 在为未设盲导出定义生成数据包时如何处理受限数据:

  • 源级限制:如果整个 受到限制(仅适用于第三方数据),则设盲导出数据包将不包含来自此源的任何数据。如果列表仅包含来自受限源的数据,则 Workbench 不会将该列表信息包含在导出数据包中。
  • 表单级别限制:如果表单 受到限制,则设盲的导出数据包将不包含该表单 中的任何数据。如果列表仅包含来自受限表单的数据,则 Workbench 不会将该列表信息包含在导出数据包中。Workbench 将不包括表单的任何 @HDR、@Form 或 @ItemGroup 信息,并且表单中的任何条目也被排除在导出之外。
  • 条目级限制:如果条目 受到限制,则设盲导出数据包将不包含此条目。Workbench 不会在任何列表中包含该条目的任何列。如果列表在 CQL 语句中使用此条目来派生另一列的值,则该列也将被排除。

创建导出定义

要创建导出定义,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 单击 + 创建 …(+ Create …) “创建(Create)”按钮

  3. 输入导出定义标题(Title)。这将显示在导出定义 列表的名称列中。
  4. 选择原始(Raw)SDTM 作为类型(Type)以创建该类型的导出定义。否则,请将此项保留设置为无(None)
  5. 如果选择 SDTM,则可以选择 使用 EDC 外部名称自动生成列标签(Auto generate column labels with EDC External name),以将 外部 ID 用于列标签。否则,请将此项保留设置为使用 EDC SDTM 名称自动生成列标签(Auto generate column labels with EDC SDTM name)以使用 SDTM 名称
  6. 可选:输入描述(Description)
  7. 单击下一步(Next)
  8. 可选:单击展开折叠以展开和折叠列表类别和导出定义。Workbench 在可用列表(Available Listings)中按类别对列表进行分组,在导出定义(Export Definitions)中按导出定义对列表进行分组。
  9. 列表(Listing)列表类别(Listing Category)可用列表拖放到已选择列表(Selected Listings)。还可以将导出定义拖放到已选择列表,以自动添加该定义中的每个列表。 将列表拖放到导出定义中

  10. 继续将列表拖放到已选择列表中,直到已选择列表包含导出定义 中所需的所有内容。
  11. 要从定义中移除列表,请单击移除(Remove))。虽然在创建导出定义 时无法移除原始类型导出的系统列表,但可以稍后使用修改列表操作将其移除。 移除列表

  12. 完成后,单击下一步(Next)
  13. 可选:输入导出列表的短标题(Short Title)。Workbench 使用短标题作为导出数据包中列表的文件名,并在 SDTM 导出中填充列。
  14. 可选:编辑导出列表的标题
  15. 点击 Save(保存)。

现在可以生成并下载此导出定义 的导出数据包。

导出商品创建:将列表添加到导出定义会该列表的副本创建为导出列表。对导出列表执行的任何操作仅适用于该商品,而不适用于原始核心列表或自定义列表。

导出定义工作流

所有导出定义都以草稿 状态开始。定义中的每个列表也从草稿 开始。将所有列表标记为就绪 后,导出定义 将进入已发布 状态。如果在任何时候列表变得无效,则导出定义 将进入草稿 状态。要返回到已发布,必须移除或更新无效列表。如果任何列表返回到草稿 状态,则导出定义 也会返回到草稿 状态。

可以为处于草稿已发布 状态的导出定义 生成导出数据包。

查看状态标志以识别导出列表导出定义 的状态。状态标志显示在定义列表、定义中的列表以及列表页面上。

草稿状态标志

如何将列表标记为就绪

要将导出列表 标记为就绪

  1. 在”Workbench“>“导出”>“定义”中打开导出列表
  2. 验证列表是否可供使用。
  3. 单击状态切换开关中的就绪(Ready) “就绪”状态切换开关

通过单击状态切换开关中的草稿(Draft)将列表返回到草稿 状态。

导出更改检测

创建导出定义 时,它由导出列表 组成。这些导出列表是作为其创建来源的列表的快照。“父列表”是指用作创建导出列表来源的列表。当父列表的 CQL 语法在上游更新时,在某些情况下,导出列表 CQL 语句可能会与父列表的定义不同步。这可能导致导出数据包中的列表结构过时。例如,如果更新了公共自定义列表的 CQL 语句,则从该父列表创建的任何导出列表仍将反映创建导出列表时使用的原始语句。

CDB 会在特定触发点检查导出定义的导出列表的父列表是否有更改。当你或其他用户修改父列表时,CDB 会在导出定义上显示更改指示符。然后,可以选择查看 CQL 更改,并选择将导出列表与父级同步。

必须是导出定义 的所有者或具有 Vault 所有者 安全配置文件才能将导出列表 与父级同步。

检测到的更改

CDB 仅检测同一环境中的更改,而不检测不同环境中的更改。

CDB 检测到以下更改:

  • 自定义列表的 CQL 语句更新
  • 如果视图是导出的直接部分,视图列表 CQL 语句的更新
  • 对研究设计的更改(例如,应用于原始或 SDTM 类型导出定义中使用的核心列表 的新条目条目组
  • 当子列表用作导出列表时,对父列表的 CQL 语句的更新

仅当核心列表在使用类型的导出定义中使用时,CDB 不会考虑应用于该列表的研究设计更改。Select * 会考虑研究设计中的这些更改。

CDB 不会将备注(单行或多行)、换行和回车、制表符或额外空格(包括前导或尾随空格)视为更改,因为这些类型的更改不会更改结果集。但是,Change Comparison(更改比较)面板仍会突出显示这些差异。

CDB 不会将对列表名称或其他属性的更新视为更改。

CDB 会检查以下事件的更改:

  • 交换(成功导入后新数据可用时):CDB 会检查所有导出定义中的更改。
  • 已保存对公共自定义列表视图的 CQL 语句的更改:CDB 会检查包含已修改列表或视图的导出定义中的更改。
  • 部署:CDB 会检查包含已部署列表或视图的导出定义中的更改。

查看 CQL 更改

要查看更改,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 单击受影响(Impacted)筛选导出定义 列表,以仅显示受更改影响的定义。
  3. 单击以打开包含更改的导出定义(Export Definition)
  4. 单击受影响(Impacted)筛选导出列表 列表,以仅显示与其父级不同步的列表。

  5. 对于要查看的列表,请单击比较(Compare)。这将打开更改比较(Change Comparison)面板。

  6. 查看更改。
  7. 完成审查后,如果不想与父级同步,请单击关闭)关闭面板。

查看更改后,可以将列表与父级同步。

“更改比较”面板,显示对 adverse_event 表单的更改
“更改比较”面板,显示对 adverse_event 表单的更改

与父级同步

要将导出列表 与父级同步:

  1. 导航到受影响的导出定义
  2. 单击受影响(Impacted)筛选导出列表 列表,以仅显示与其父级不同步的列表。
  3. 对于要同步的列表,请单击比较
  4. 更改比较面板中,单击与父级同步(Sync with Parent)
  5. 在确认对话框中,单击确认(Confirm)

要将多个导出列表 与其父级同步,请执行以下操作:

  1. 导航到受影响的导出定义
  2. 单击受影响(Impacted)筛选导出列表 列表,以仅显示与其父级不同步的列表。
  3. 选中要同步的每个列表的导出列表(Export Listing)复选框。
  4. 可选:选中全选(Select All)复选框以选择当前页面上的所有列表。
  5. 单击与父级同步

  6. 在确认对话框中,单击确认(Confirm)

编辑导出定义

创建导出定义 后,可以稍后返回并修改包含哪些列表、编辑定义的属性以及重命名列表。

请注意,只能保存对已创建定义的更改。要更改其他人的列表,可以创建该列表的副本以进行更改。

如何重命名列表

可以在导出定义 中轻松重命名导出列表。在此处重命名列表仅会重命名导出列表,而不会重命名原始数据列表。

要重命名列表,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 打开导出定义
  3. 在“导出列表”表中,单击编辑(Edit))进入编辑模式。 “编辑”按钮

  4. 在文本字段中输入列表的新名称。 列表标题文本字段

  5. 单击查看(View))返回到“查看”模式并保存更改。 “查看”按钮

如何修改包含的列表

可以在导出定义 中添加和移除列表。

要修改包含的列表,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 单击以打开导出定义
  3. 操作(Actions)菜单(),选择选择列表(Select Listings) “修改列表”操作

  4. 可选:单击展开折叠以展开和折叠列表类别和导出定义。Workbench 在可用列表(Available Listings)中按类别对列表进行分组,在导出定义(Export Definitions)中按导出定义对列表进行分组。
  5. 列表(Listing)列表类别(Listing Category)可用列表拖放到已选择列表(Selected Listings)。还可以将导出定义拖放到已选择列表,以自动添加该定义中的每个列表。 将列表拖放到导出定义中

  6. 继续将列表拖放到已选择列表中,直到已选择列表包含导出定义 中所需的所有内容。
  7. 要从定义中移除列表,请单击移除(Remove))。 移除列表

  8. 单击下一步(Next)
  9. 可选:输入导出列表的短标题(Short Title)。Workbench 使用短标题作为导出数据包中列表的文件名。
  10. 可选:编辑导出列表的标题
  11. 点击 Save(保存)。

如何编辑导出定义属性

要编辑导出定义 的属性,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 单击以打开导出定义
  3. 导出定义)菜单中,选择属性(Properties) “属性”菜单条目

  4. 属性对话框中,单击 编辑 “查看”模式下的“属性”对话框

  5. 根据需要编辑属性。 “编辑”模式下的“属性”对话框

  6. 点击 Save(保存)。

复制导出定义

可以使用另存为 复制导出定义

要复制导出定义,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 单击以打开导出定义
  3. 导出定义)菜单中,选择另存为(Save As) “另存为”操作

  4. 可选:输入新导出定义的标题。默认情况下,标题 是原始定义的标题,并附加一个“2”。
  5. 可选:输入描述(Description)
  6. 点击 Save(保存)。

删除导出定义

请注意,只能删除已创建的导出定义

要删除导出定义,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 在列表中找到导出定义
  3. 导出)菜单中,选择删除(Delete)

生成 & 下载导出数据包

可以从任何现有导出定义 生成和下载导出数据包,作为一组 CSV 或 SAS 文件和一个清单文件。

  1. 导航到导出> 定义
  2. 在列表中找到导出定义
  3. 导出)菜单中,选择生成数据包(Generate Package) 生成数据包

  4. 选择 CSVSAS 作为导出格式。
  5. Workbench 生成数据包后,单击下载)下载导出数据包(ZIP)。 下载导出数据包

导出数据包过期:导出数据包生成后,在三十(30)天内可供下载。30 天后,该数据包将过期,用户必须重新生成它才能下载。如果修改了导出数据包,则 30 天期限将重新开始。

示例清单文件

清单文件由系统生成的列表和一个核心列表组成,每个列表包含以下信息:

  • 用于创建文件的 CQL 的描述
  • 列及其描述列表
  • 对于条目,包含“名称”、“类型”、“条目类型”、“条目标签”、“源”和“表单”等属性
  • 对于代码列表条目,包含“代码”和“解码”

有关示例清单文件,请参见下文。

受限数据:如果导出数据包设盲,则清单文件将指示每个设盲条目的设盲属性。

and{ "study" : "Cholecap_DEV1", "exportname" : "Raw_Export", "exportstartdatetime" : "2024-03-11 18:05:10", "filecount" : 6, "data" : [ { "filename" : "adverse_events.csv", "dateapplied" : "2024-03-11 17:39:54", "cql" : "SELECT\n `@HDR`.`Study`.`Name`\n, `@Form`.`DataSource`\n, `@HDR`.`Site`.`Number`\n, `@HDR`.`Subject`.`Name`\n, `@HDR`.`EventGroup`.`Name`\n, `@HDR`.`EventGroup`.`SeqNbr`\n, `@HDR`.`Event`.`Name`\n, `@HDR`.`Event`.`Date`\n, `@HDR`.`Event`.`Status`\n, `@Form`.`Name`\n, `@Form`.`SeqNbr`\n, `@ItemGroup`.`SeqNbr`\n, `@Form`.`LastModifiedDate`\n, `EDC.adverse_events`.`common_forms_ig`.`adverse_event_term` `adverse_event_term`\n, codedstatus(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`) `CodingStatus`\n, codeddictrel(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`) `DictionaryRelease`\n, codedcode(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'LLTCD') `LLTCD`\n, codedterm(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'LLT') `LLT`\n, codedcode(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'PTCD') `PTCD`\n, codedterm(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'PT') `PT`\n, codedcode(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'HLTCD') `HLTCD`\n, codedterm(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'HLT') `HLT`\n, codedcode(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'HLGTCD') `HLGTCD`\n, codedterm(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'HLGT') `HLGT`\n, codedcode(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'SOCCD') `SOCCD`\n, codedterm(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'SOC') `SOC`\n, codedterm(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`, 'Primary Path') `PrimaryPath`\n, codedby(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`) `LastCodedBy`\n, lastcoded(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig.adverse_event_term`) `LastCodedDate`\n, `EDC.adverse_events`.`common_forms_ig`.`start_date` `start_date`\n, rawdate(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig`.`start_date`) `start_date_RAW`\n, `EDC.adverse_events`.`common_forms_ig`.`end_date` `end_date`\n, rawdate(`EDC.adverse_events`.`common_forms_ig`.`end_date`) `end_date_RAW`\n, `EDC.adverse_events`.`common_forms_ig`.`serious` `serious`\n, `EDC.adverse_events`.`common_forms_ig`.`outcome` `outcome`\nFROM\n `EDC`.`adverse_events`\nWHERE ((`@Form`.`Status` = 'submitted__v') OR (`@HDR`.`Event`.`Status` IN ('did_not_occur__v')))\n", "columns" : [ { "name" : "Study.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.DataSource", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Number", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Subject.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "EventGroup.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "EventGroup.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "Event.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Event.Date", "type" : "DATE", "source" : "EDC" }, { "name" : "Event.Status", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "ItemGroup.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.LastModifiedDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "adverse_event_term", "type" : "VARCHAR", "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "CodingStatus", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "DictionaryRelease", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "LLTCD", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "LLT", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "PTCD", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "PT", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "HLTCD", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "HLT", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "HLGTCD", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "HLGT", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "SOCCD", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "SOC", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "PrimaryPath", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "LastCodedBy", "type" : "INTEGER", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "LastCodedDate", "type" : "DATETIME", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Adverse Event Term", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "start_date", "type" : "DATE", "itemlabel" : "Start Date", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "start_date_RAW", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "Start Date", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "end_date", "type" : "DATE", "itemlabel" : "End Date", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "end_date_RAW", "type" : "VARCHAR", "itemtype" : [ "cdbderived" ], "itemlabel" : "End Date", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" }, { "name" : "serious", "type" : "VARCHAR", "datatype" : "codelist", "itemlabel" : "Serious", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events", "code_decode" : [ { "code" : "Y", "decode" : "Yes" }, { "code" : "N", "decode" : "No" } ] }, { "name" : "outcome", "type" : "VARCHAR", "itemlabel" : "Outcome", "source" : "EDC", "form" : "adverse_events" } ] }, { "filename" : "Sys_Forms.csv", "dateapplied" : "2024-03-11 17:39:54", "cql" : "CALL SYS_FORMS", "columns" : [ { "name" : "Study.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Country", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Number", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.PI", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Subject.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Subject.Status", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "EventGroup.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "EventGroup.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "Event.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Event.Date", "type" : "DATE", "source" : "EDC" }, { "name" : "Event.Status", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Status", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.CreatedDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SubmissionDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SubmissionCount", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.ILB", "type" : "BOOLEAN", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.ILBReason", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SDV", "type" : "BOOLEAN", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SDVDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.DMR", "type" : "BOOLEAN", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.DMRDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Frozen", "type" : "BOOLEAN", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.FrozenDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Locked", "type" : "BOOLEAN", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.LockedDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Signed", "type" : "BOOLEAN", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SignatureDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.LastModifiedDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Version", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.ExternalID", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" } ] }, { "filename" : "Sys_ILB.csv", "dateapplied" : "2024-03-11 17:39:54", "cql" : "CALL SYS_ILB", "columns" : [ { "name" : "Study.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Number", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Subject.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "EventGroup.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "EventGroup.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "Event.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "ItemGroup.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "ItemGroup.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "Item.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "ILB Reason", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" } ] }, { "filename" : "Sys_Links.csv", "dateapplied" : "2024-03-11 17:39:54", "cql" : "CALL SYS_LINKS", "columns" : [ { "name" : "Study.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Country", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Number", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Subject.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "EventGroup.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "EventGroup.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "Event.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "ItemGroup.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "ItemGroup.SeqNbr", "type" : "INTEGER", "source" : "EDC" }, { "name" : "FormLink.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.LinkCreatedDate", "type" : "DATETIME", "source" : "EDC" }, { "name" : "Form.LinkID", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" } ] }, { "filename" : "Sys_Sites.csv", "dateapplied" : "2024-03-11 17:39:54", "cql" : "CALL SYS_SITES", "columns" : [ { "name" : "Study.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Country", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Number", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.PI", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" } ] }, { "filename" : "Sys_Subjects.csv", "dateapplied" : "2024-03-11 17:39:54", "cql" : "CALL SYS_SUBJECTS", "columns" : [ { "name" : "Study.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Country", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Site.Number", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Subject.Name", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" }, { "name" : "Subject.Status", "type" : "VARCHAR", "source" : "EDC" } ] } ] } 

有关 CDB 中的清单文件的更多信息,请参考“导入第三方数据”。

计划定期导出

可以计划每天、每周或每月导出,并选择用户以便在导出数据包可用时发送通知。计划导出完成数据包的生成后,可以从导出> 定义下载数据包,或通过 FTP 将其传送到选择的位置。

要计划定期导出,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 单击以打开导出定义
  3. 导出定义)菜单中,选择属性(Properties)
  4. 单击编辑
  5. 如果已存在计划导出,请单击 添加计划(Add Schedule)。每个导出定义最多可以有五(5)个计划导出。CDB 不允许重复计划(匹配日期、时间、间隔和格式)。
  6. 选中计划(Schedule)复选框。
  7. 选择日期日期(Date)时间(Time)。这是第一次导出的日期。然后,Workbench 将在所选间隔(步骤 8)过去后生成未来的导出数据包。例如,如果选择“每周”和“2020 年 12 月 7 日凌晨 12:00”,则 Workbench 将在此时生成导出数据包,然后下一次导出将在“2020 年 12 月 14 日凌晨 12:00”发生。
  8. 选择每天(Daily)每周(Weekly)每月(Monthly)作为间隔(Interval)
  9. 选择 CSVSAS 作为格式(Format)。这决定了 Workbench 为导出数据包生成的文件类型。
  10. 可选:选中传送(Delivery)复选框,然后选择 FTP 传送位置。有关创建传送目标的详细信息,请参见“创建 FTP 目标”。
  11. 点击 Save(保存)。

如何编辑计划导出

要编辑计划导出,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 单击以打开导出定义
  3. 导出定义)菜单中,选择属性(Properties)
  4. 单击编辑
  5. 根据需要对导出计划传送进行更改。
  6. 点击 Save(保存)。

如何停止计划导出

可以随时停止计划导出。在再次开始导出之前,导出不会再次发生。

要停止计划导出,请执行以下操作:

  1. 导航到导出> 定义
  2. 单击以打开导出定义
  3. 导出定义)菜单中,选择属性(Properties)
  4. 单击编辑
  5. 清除计划复选框。
  6. 点击保存

创建 FTP 连接

Workbench 支持使用提供的 Veeva Vault FTP 服务器和第三方 FTP 服务器。如果计划使用所提供的 Vault FTP 服务器以外的位置,则必须已设置该服务器。

具有 Vault 所有者安全配置文件的用户可以从工具(Tools)> EDC 工具(EDC Tools)> FTP(FTPs)设置计划导出的目标

如果 Vault 使用自定义研究角色,则你的角色必须具有以下权限:

类型 权限标签 权限
“标准(Standard)”选项卡 “EDC 工具”选项卡 能够访问 EDC 工具选项卡。
功能权限 管理 FTP 能够在 EDC 工具中创建和编辑 FTP 连接

要设置 FTP 连接,请执行以下操作:

  1. 工具(Tools)> EDC 工具> FTP(FTPs)中导航到研究
  2. 单击 + 新建 FTP(+ New FTP)
  3. 输入 FTP 名称(FTP Name)。此名称将显示在导出定义的传送下拉菜单中(位于 CDB Workbench 的“导出”部分)。 新建 FTP 连接 CDB

  4. 选择 CDB 作为类型,即使正在创建连接以将导出从 CDB 发送到 Veeva Vault FTP 也一样。
  5. 输入用户名(User Name)。对于 Veeva Vault FTP 服务器,这是用于登录 Vault 的用户名,包括域名,主机在前面。例如,“verteopharma.veevavault.com+cordelia.hunter@verteopharma.com”。
  6. 输入密码(Password)
  7. 确认密码。
  8. 选择 FTP 方案(FTP Scheme)。如果要将导出从 CDB 发送到 Veeva Vault FTP 服务器,请选择 FTPS
  9. 输入主机(Host)。对于 Veeva Vault FTP 服务器,这是 Vault 的 URL:{DNS}.veevavault.com。例如:“veepharm”是 veepharm.veevavault.com 中的 DNS。
  10. 输入端口(Port)
  11. 输入要将数据包传送到的目标路径(Destination Path)。如有必要,可以在 FTP 服务器中创建目标路径,然后再输入到此处。要在 Veeva Vault FTP 服务器中创建目标路径,用户需要 API 访问权限。
  12. 点击 Save(保存)。

有关连接字段详细信息以及如何编辑 FTP 记录的更多信息,请参见“从 EDC 工具连接到 FTP 服务器”。

订阅数据包通知

CDB 可以在导出数据包进入给定状态时发送电子邮件通知。与组织的用户管理员合作进行订阅